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Migrar Exchange 2003 a Exchange 2007 SP1

Hola Victor, hace unos dias migramos un Active Directory de un Windows Server 2003 R2 Standard Edition SP2 a un Windows Server 2008 Standard SP2.

Salio todo bien, pero en el mismo server (2003) teniamos un Exchange que ahora queremos migrar al server 2008. Buscando informacion nos dimos cuenta que lo que hicimos mal (o no hicimos) es poner en modo nativo el exchange 2003 antes de migrar el AD, por lo que ahora en el viejo server no tenemos casi nada de exchange y todos los usuarios del exchange estan en el server nuevo quedando los mailboxes en el viejo.
El problema es que cuando queremos instalar el exchange 2007 en el nuevo server detecta el exchange 2003 (no podemos crear uno nuevo) pero nos tira el error

Error:

La organización de Exchange no está en modo nativo.

Acción recomendada: http://go.microsoft.com/fwlink/?linkid=30939&l=es&v=ExBPA.3&id=63bbe074-5dae-41b4-b71b-80ffb0b1d42b

Advertencia:

Si continúa, se actualizará el esquema de Active Directory. Compruebe si la organización está preparada para Exchange mediante la ejecución de la Comprobación de preparación para Exchange 2007, que se incluye en Exchange Best Practices Analyzer.

Entendemos que la solucion es poner el exchange en modo nativo, pero es imposible ya que el manager del exchange no tiene nada (en el server 2003).
Hay alguna forma de subsanar este error?
El server viejo quedo por el momento como una PC mas de la red, ni siquiera como controlador secundario, en estos dias deberiamos sacarlo definitivamente.

Espero nos puedan dar una mano con esto, saludos y muchas gracias

Carina